結論から申し上げれば、交通事故で怪我をして通院することになった場合でも、健康保険を使って受診することができます。
ただし、被害者の方が健康保険を使いたいと言わないかぎり、病院は、当然のように、健康保険を使わない自由診療で高い金額の請求をしてくることが多いです。
それは、病院にとって、自由診療で高い金額で請求できるのであれば、そうしたいというのが本心だからだと思われます。
病院によっては、交通事故の被害者が健康保険を使おうとしても、「交通事故には健康保険は使えません」と言って、なんとしても自由診療で高い金額を請求しようとするところがありますが、本当は交通事故でも健康保険を使うことができるのですから、ひどい話です。
交通事故でも健康保険を使うことができる法的根拠として、旧厚生省（現在の厚生労働省）が出した通知において、「自動車による保険事故も一般の保険事故と何ら変りがなく、保険給付の対象となるものであるので、この点について誤解のないよう住民、医療機関等に周知を図るとともに、保険者が被保険者に対して十分理解させるように指導されたい」（昭和43年10月12日 保険発第106号「健康保険及び国民健康保険の自動車損害賠償責任保険等に対する求償事務の取扱いについて」）と明記されています。
なお、加害者がいる交通事故（自損事故ではない場合）で健康保険を使う場合には、健康保険組合などに対して、「第三者行為による傷病届」などの書類を提出する必要があります。この手続により、健康保険組合が医療機関に支払った治療費を加害者に対して求償することになります。
そして、自由診療の場合には、健康保険を使うより医療費が2倍以上になると言われていますので、できれば健康保険を使った方が被害者の方にとって明らかに良い場合があります。
被害者の方にも過失があり、過失相殺がされてしまうケースでは、一旦は加害者の任意保険会社が治療費を立て替えたとしても、最終的な精算の際に、治療費のうち被害者の過失分については被害者の負担となってしまいますから（結局、最後に支払われる慰謝料などの金額から被害者負担分の治療費の金額が引かれてしまいます）、病院に払う治療費を低額に抑えた方が被害者にとっても良いのです。
また、加害者が任意保険に入っていない場合には、一旦、被害者が治療費を立て替えて、その後で加害者か自賠責保険に請求することになりますが、自賠責保険に請求できる金額は傷害事故の場合には120万円が上限と決まっていますので、金額が高い自由診療だと、治療費だけで自賠責保険から得られる金額の大部分になってしまい、その分自賠責保険から慰謝料などを受け取ることができないことにもなり得ます。
このようなケースでは、勇気を出して「健康保険を使いたい」と病院に伝えた方が良いと思います。
ですが、大部分の医療機関では、被害者の方が勇気を出して「健康保険を使いたい」と言わないかぎり、高い自由診療で当然のように請求されてしまうのです。
また、「健康保険を使いたい」と言ったところ、病院から「交通事故では健康保険は使えません」と冷たく言われてしまうことがあり得ます。
そのような場合には、「交通事故でも健康保険を使うことができることは、国の通達で認められていると聞きました」、「第三者行為による傷病届は出します（出しました）」と言えば、さすがに病院も本当は交通事故でも健康保険を使うことができることを認めざるを得ないと思います。
そこまでして、健康保険を使うことに躊躇してしまう被害者の方はいらっしゃると思います。一つは、「医師や病院の言うことに逆らうと、きちんと診察してくれなかったりするのではないか」ということです。
医師も人間である以上、嫌な思いをすれば、きちんと診察してくれなかったりするおそれはやはりあると思います。
私が実際に経験した事案ですが、被害者の方が健康保険を使った場合に、医師が「診断書は書けない」と言ってきたことがありました。結局、これは高い金額の自由診療でなく健康保険を使おうとする患者に対して嫌がらせをしているのだと思われます。
これらは、非常に残念なことではありますが、交通事故で健康保険を使うことのデメリット・リスクということになりますので、その点がどうしても気になる場合には、病院の言うがまま自由診療で支払うという選択肢を選ぶ方もいらっしゃると思います。
逆に、健康保険を使わずに自由診療で受診しても、全く問題ないケースとしては、加害者が対人無制限の任意保険に加入しており、しかも、加害者の過失が100％で過失相殺がない場合があります。この場合には、治療費の全額を加害者側（実際は任意保険会社）が負担し、被害者の負担が0ですので、治療費が高くなったところで被害者にとって関係ないと言うことができると思います。
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